Fichier ISO copie d'un disque dur sous linux

Bonjour,

Soit un PC avec un disque dur de 5 Go et un disque dur USB de 160 Go.
Je veux installer Windows XP (nobody's perfect) à partir du CD puis un tas de <freewares dont les install sont sur le disque USB>.
Ca marche et puis soudain ... un des freewares cesse de fonctionner.
Il faut tout réinstaller, y compris Windows, ce qui prend plus de 5 heures <:<((

Mon idée est de prendre, sur le disque USB, une copie du disque dur quand il est encore "propre" (c'est à dire que que tous les freewares fonctionnent) et d'utiliser cette copie pour restaurer le disque dur quand celui-ci disfonctionne.
Cette copie serait un fichier ISO créé avec mkisofs.
Cette copie ne peut être prise sous Windows mais on peut la faire sous Mandriva One + mkisofs (qui serait sur une clef USB)

Problème :
Sur le disque dur, il y a des "trous" : certains programme du "kernel" XP semblent devoir être à des adresses disque déterminées ("fichiers non déplaçables" dans le défragmenteur).

Questions :
1. Le raisonnement vous semble correct ?
2. Lors de la recopie du fichier ISO vers le disque dur (sous Mandriva One), est-ce que les "trous" seront respectés ?
Autre formulation de cette question : Est-ce que la copie d'un "fichier ISO créé à partir d'un support" vers le même support est strictement identique à l'état original de ce support ?
Il semble que ce soit vrai pour un CD, est-ce aussi le cas pour un (petit) disque dur ?
3. Ou trouver le man mkisofs ?

Merci