Superposition de 2 images pour créer de la 3D

Bonjour,

je suis en première et comme peut être certains le savent, je passe l'épreuve du TPE d'ici quelques semaines.
Mon sujet est la 3ème dimension, je vais pas tout vous détailler mais en gros notre expérience c'est de recréer un film en 3D.
Pour cela nous avons filmé une scène quelconque via deux caméras identiques espacées de 6cm pour recréer l'espace entre les deux yeux et nous avons mis un filtre cyan sur une et un rouge sur l'autre, c'est le principe de l'anaglyphe en gros.

Bref au final je me retrouves avec deux vidéos identiques avec seulement une différence de prise de vue et de couleur, et je voudrais savoir comment les superposer pour justement avoir un film en 3D. Je suppose qu'il faudra les rendre transparentes enfin je ne m'y connais pas trop... c'est pour cela que je m'en remet à vous pour trouver une façon de faire via un logiciel gratuit si possible que vous pourriez me proposer.

J'attends vos réponses en vous remerciant d'avance ;)