Changer real video en gardant 2 pistes audio

DivX ???? J'avais cru comprendre que tu le faisais en MP4/H.264.
Non je ne pense pas que cela fasse saccader le fichier vidéo après il faut essayer pour vraiment le savoir ;)

Pour réencoder ton flux vidéo et tes flux audio, tu peux employé par exemple le logiicel SUPER, MediaCoder, Avidemux.
Pour l'audio seul du second flux, je ne sais pas s'il peuvent le faire donc perso je te suggèrerais MediaCoder Audio Edition mais d'autres doivent exister également comme peut-être GX::Transcoder.
Peut que MKVMerge permet de la faire, je ne sais plus cela fait un moment que je ne m'en suis plus servi :-/

Une fois que c'est encoder avec les bons codecs, tu repasses tout dans MKVMerge ou MKVToolnix et tu refait un fichier en MKV.

Au cas ou je serais un peu brouillon dans mes explications, je te laisse un tutoriel : https://www.avcesar.com/

Utilise MKVMerge pour refaire le film en MKV, c'est le plus simple à mon avis : https://www.commentcamarche.net/telecharger/tv-video/15057-mkvtoolnix-mkvmerge/

Bon je suis en train de testé sur un petit fichier dans le Conteneur MKV que j'ai avec vidéo en XviD et audio en PCM et MP3.
J'ai extrait deux fichiers avec chacones des deux piste audio.
J'en converti un en MKV (H;264 et AAC) avec HandBrake https://www.commentcamarche.net/telecharger/tv-video/11551-handbrake/
Pour l'autre, j'emploie MediaCoder Audio Edition, pour ne conserver que la piste audio en AAC : http://www.mediacoderhq.com/audio/
J'ai eu du mal, car la durée de l'audio ne correspondait pas à celle de la vidéo à l'origine. Ce qui fait que j'ai recommencé plusieurs fois avant de m'apercevoir de cela, je cherchais l'erreur ailleurs...
Puis maintenant que j'ai bien mes deux fichier, 1 avec vidéo et audio, le 2 avec juste l'audio, je remuxe le tout avec MKVMerge et cela me donne un beau fichier en MKV avec deux flux audio.

Voilà, c'est juste une méthode parmi tant d'autre, pas forcement la plus simple, car j'ai eu du mal même avec MediaCoder Audio, qui ne veux pas encoder le flux en MP3 ??? Pourquoi non, je ne sais pas, peut-être car le MP3 est particulier (identifiant codec A_MPEG/L3)... puisque cela fonctionne avec d'autres fichiers.

Bref tout cela c'est juste pour te montrer que si on y arrive pas d'une certaine manière, il faut persévérer et essayer d'autre chose. Rien n'est impossible ou presque en matière de conversion vidéo/audio.

Voir mes deux fichiers avant/après : https://imageshack.com/
Tout n'est pas parfait, les flux audio ne sont pas identiques par exemple, mais c'était juste histoire de voir si cela était faisable.

Je ne connais pas Prism, donc je l'ai installé pour voir. Regarde sous Encoder Options pour régler le bitrate et n'hésite pas à le mettre un peu supérieur à celui du fichier initial.