Bien coder en ajax...

Bonjour,
Je suis développeur Web avec un tout petit peu d'expérience. Bref, je bosse avec PHP, SQL, JavaScript, css, xml, dom et j'ai oublié C, java, Ocaml de mes études.

Je m'informe, je lis, par ci par là plein de choses sur l'Ajax: jquery,scriptaculous d'autres framework etc.

Moi, j'ai l'habitude (mauvaise?) de tout coder moi-même: mon object xmlhttprequest, ma fonction qui envoie les variables en paramètre etc.
Je souhaiterais avoir votre avis sur différentes choses. Une fois mes données récupérées:
- l'ajax, ca se résume à faire un gros innerHTML bourrin? Est-il forcément bien interprété ce innerhtml si après on veut appliquer du css, html,javascript dans le code inséré?

- il parait qu'innerhtml est plus rapide que le DOM.... votre avis en 2 lignes? innerhtml ou appendchild? Il me semblent en plus que les méthodes DOM diffèrent selon les navigateurs. (ie n'en fait qu'à sa tête, mozilla innove etc.)

- Y-a t-il une autre méthode que ces deux citées?

- faut-il que je me mette à jquery, scriptaculous.. qui semblent faire de belles choses?

- faut-il obfusquer son javascript, qui révèle les paramètres et pages php appelées par le javascript de manière asynchrone?

Voila. Beaucoup de questions... des questions déjà posées désolé. Mais je demande votre avis et votre expériences sur ces points centraux.

Merci à tous d'avoir au moins lu.