Bash : Lire colonne .dat jusque...

Question

Bonjour,

   Cela fait deux bonnes heures que je galère pour un problème somme toute assez simple... J'essaie d'extraire des données (pour en calculer moyenne et variance) d'un fichier .dat donc la structure est comme suit: 
De la 1ère à la n_ème ligne il y a des colonnes séparées par des tab et qui contiennent des nombres (parfois entiers, parfois float, parfois négatifs etc), et sur la fin du fichier une sorte de "petit résumé" qui commence par une ligne bien définie (Reactor stats:)

Je cherche donc à lire en shell (korn shell ou bash, peu importe les nuances)ces données. Voici ce que j'ai déjà écrit et qui ne marche qu'à moitié:

#!/bin/bash
fichier=$1
colonne=$2
while read ligne
do
        if [ grep Reactor $ligne!='' ] ;then
                echo $ligne | awk '{ print $'$colonne' }'
        else
                break
        fi
done < $fichier

lami20j · Answer

Salut,

Edit :

Tu connais le numéro de champ et le séparateur, alors pourquoi pas tout simplement.
$ cat plop 
q1	50
q2	80
$ awk -F"	" '{somme+=$2}END{ print somme}' plop
130

Vigon · Answer

Il s'arrêtera à la ligne "Reactor stats"? J'imagine que non. C'est surtout ça mon problème.

dubcek · Answer

hello 
tu veux extraire la colonne x de la ligne qui contient Reactor ?
$ cat a1
 1 2 3
 1 2 3
 1 2 3
 1 2 3
Reactor 4 5 6 
$ head f1
#!/bin/bash

fichier=$1
colonne=$2
awk '/Reactor/ {print $'"$colonne"'}'  $1

$ ./f1 a1 3
5
$

lami20j · Answer

Re,

Pour la moyenne par exemple
$ awk -F"	" '$0!~/^$/ {i+=1;somme+=$2}END{ print "somme = " somme ", moyenne = " somme/i}' plop
somme = 130, moyenne = 65
ou
$ awk -F"	" '{somme+=$2}END{ print "somme = " somme ", moyenne = " somme/NF}' plop
somme = 130, moyenne = 65

jipicy · Answer

Salut,

Attention à la syntaxe aussi !!!

if [ grep Reactor $ligne!='' ]

Il faut des espaces de part et d'autre du signe égalitaire (ou non-égalitaire dans ton cas).
Ensuite la syntaxe de ta commande dans le test doit être entourée par "$(commande)" 
La redirection de la variable doit être induite par <<< :

if [ $(grep 'Reactor' <<< ${ligne})" != '' ]

Vigon · Answer

@dubcek, non justement, les données qui sont situées au-dessus.

Merci lami, je vais regarder ça! Ca a une bonne tête ;).

Vigon · Answer

@lami : après test, ça ne marche pas vraiment... il ne s'arrête pas de lire à la ligne "reactor" et donc la moyenne est biaisée.

J'ai également oublié de stipuler que le remplissage de la colonne à lire ne commence pas toujours à la ligne 1.

Voici à quoi ressemble le fichier:

1          
2          
3     3241     -2
4     2384     4
5     8594     -5
6     2348     87
7     2938     3

Reactor stats: 
                    Axial balblalba
                    Points: 63

lami20j · Answer

Re,

Peut tous nous donner ton fichier ou une partie pour tester?

Edit:
Oups, je n'ai pas vu que tu as donnée un exemple ;-)

lami20j · Answer

Re,

Attention ton exemple a comme séparateur espace pas tabulation

$ cat plop 
1          
2          
3     3241     -2
4     2384     4
5     8594     -5
6     2348     87
7     2938     3

Reactor stats: 
                    Axial balblalba
                    Points: 63
$ awk 'FNR==1,/Reactor/{if($3)i+=1;somme+=$3}END{ print "somme = " somme ", moyenne = " somme/i}' plop
somme = 87, moyenne = 17.4

lami20j · Answer

Re,

J'ai repris ton exemple mais j'ai remplacé les espaces avec une tabulation
Dans ton fichier il y a une seule ligne qui contient Reactor ou plusieurs.
Puisque si c'est le cas alors il faut nous donner un exemple de fichier et si possible avec la bonne structure.

$ cat -A plop
1^I$
2^I$
3^I3241^I-2$
4^I2384^I4$
5^I8594^I-5$
6^I2348^I87$
7^I2938^I3$
$
Reactor^Istats:^I$
^IAxial^Ibalblalba$
^IPoints:^I63$
$
$ cat plop
1	
2	
3	3241	-2
4	2384	4
5	8594	-5
6	2348	87
7	2938	3

Reactor	stats:	
	Axial	balblalba
	Points:	63
$ awk -F"	" 'FNR==1,/Reactor/{if($3)i+=1;somme+=$3}END{ print "somme = " somme ", moyenne = " somme/i}' plop
somme = 87, moyenne = 17.4

Vigon · Answer

Mon fichier contient bel et bien des tab et non des espaces, je ne savais juste pas comment les écrire dans la fenêtre.

Je ne peux pas vous donner le "vrai" fichier, simplement parce qu'il contient des données classifiées. (ce serait sans incidence mais la règle, c'est la règle :-) )

Je vais déjà essayer de me débrouiller avec tout ça. Merci pour votre aide.

Bash : Lire colonne .dat jusque...

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