Gros probleme de disque dur externe

Bonjour,depuis que j'ai reinstallé xp sur mon PC, je laisse mon disque dur externe tout le temps branché en usb. Mais un jour, voulant sensiblement augmenter mes performances pour des jeux video gourmands en ressources, j'ai debranché mon disque ( je precise que l'ordi etait etient a ce moment-la). Et depuis ce moment, windows me harcele d'infobulles m'avertissant que "F:\\$SECURE est endommagé, executez l'utilitaire CHKDISK". Dans un premier temps, je voudrais savoir pourquoi Windows copie des fichiers systeme importants sur mon disque externe, et comment s'en débarrasser ? Depuis ce jour-la, plusieurs de mes fichiers ont été endommagés (executables, images, musiques, et meme documents word !). Donc voici ma deuxieme question : Windows exploite-il ou analyse-il mes fichiers en temps réel ? Merci de vos réponses (je precise que mon disque externe et mon disque systeme sont les deux en NTFS)