Fichier system corrompu

Bonjour,
Voilà l'histoire : en démarrant l'ordi portable, windows ne veut pas démarrer et m'affiche un truc du genre "le fichier suivant est corrompu : C:\WINDOWS\system32\config\system [...] windows ne peut pas démarrer, insérer le disque..." j'ai plus le message sous les yeux car le problème est plus ou moins réglé...
Le souci, c'est que c'est l'ordi de ma tante et pas moyen d'avoir le cd d'install d'origine. Après avoir démonté et sauvegardé l'intégralité des fichiers présents sur le disque dur, je décide donc de réinstaller un windows afin de rendre son ordi opérationnel.
Lors de l'installation, une option m'est proposée de ne pas toucher aux fichiers présents, option que je m'empresse de choisir pour ne pas avoir à réinstaller tous les logiciels au cas où...
L'installation se passe, je redémarre et on me propose de lancer l'ancien système d'exploitation (ce sont les mêmes à part que celui que j'ai installé est Xp sp3 en français et l'autre est en anglais), je me dis, voyons voir ce que dis l'ancien maintenant... et bien il fonctionne à priori correctement.
La seule différence maintenant c'est qu'il faut choisir le système de démarrage. J'hésite donc à supprimer le nouveau windows que j'ai installé ? Comment cette manip a-t'elle pu résoudre le problème de ce fichier system corrompu ?