Exécution manuelle de programme ?!

Bonjour. J'ai récemment été infecté par différents malwares et trojans en tout genre, et après avoir utilisé plusieurs fois des anti-virus pour les supprimer, j'me retrouve face à un problème.
Les différents programmes qui se lancent habituellement au démarrage, MSN par exemple, ne se lancent plus. Jusque là, pas trop d'problèmes, mais quand je double-clique sur l'icone du programme, une fenêtre apparait, me demandant de choisir le programme approprié pour ouvrir le programme.
Je suis donc obligé d'aller dans le dossier Program Files pour ouvrir le fichier msnmsngr.exe directement, et là seulement ça fonctionne. Ca fait pareil pour TOUS les programmes.
Est-ce qu'en faisant les analyses anti-virus, j'aurais pas supprimé un mauvais fichier ? Et comment faire pour remédier au problème ?
Merci d'avance.