Sauvegarder un disque en excluant des dossiers

Bonsoir à tous,
je dispose d'un serveur dédié sur lequel j'ai installé pas mal de choses (vpn, owncloud, teamspeak, etc.....), et j'aimerais en faire une sauvegarde complète pour que si jamais le disque dur tombe en panne, je puisse restaurer tout ça sans avoir à tout réinstaller. (Est-ce que copier tout manuellement à partir de la racine / fonctionne ?)
Aussi, j'ai quelques dossiers avec des fichiers faisant plusieurs dizaines de Go que je n'ai pas besoin de sauvegarder, est-ce qu'il y a moyen de les exclure? Ou même de les supprimer manuellement par la suite?

Merci d'avance !