Spliter un fichier fasta multiséquence en plusieurs fichiers

Un exemple de fichier fasta multi séquence est donné ici : http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format
Il y a ici deux séquences dans cet exemple et 13 dans le cas de mes fichiers

Navré mais je suis un vrai néophyte, ce qui entraine une autre question...
Etant donné que ces fichiers sont nombreux dans un dossier particulier et que je dois faire de même avec tous ces fichiers es qu'un script de ce type me permettrai de tout faire de façon itérative ?

for X in $(ls) ; do awk '/^>/{n=substr($0, 13)} {print > n}' $X ; done

Encore merci pour ces réponses

faire simplement

awk '/^>/{n=substr($0, 13)} {print > n}'  *

si une même séquence se trouve dans plusieurs fichiers, seule la dernière restera

Quand je rentre cette commande seul quelques fichier sont traité avec un message d'erreur :
awk: ref|NP_007761.1|COX3_15058 cytochrome c oxidase subunit III (mitochondrion) [Branchiostoma floridae] makes too many open files

pour certaine séquences puis le programme s'interrompt.

on ne peut pas mettre comme nom de fichier une séquence qui contient des | ] [ ou ()
il ne faut que du texte, chiffres, ou point, tiret, etc
montre des exemples de séquences

>gi|658608828|ref|YP_009045697.1| NADH dehydrogenase subunit 2 (mitochondrion) [Ideopsis similis]
aaaaaaaaaaaaaeeeeeeeeee
>gi|658608829|ref|YP_009045698.1| cytochrome c oxidase subunit I, partial (mitochondrion) [Ideopsis similis]
aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaeeeeeeeeeeeeee
>gi|658608830|ref|YP_009045699.1| cytochrome c oxidase subunit II (mitochondrion) [Ideopsis similis]
aaaaaaaaaaaeeeeeeeeeeeeeee
>gi|658608833|ref|YP_009045700.1| ATP synthase F0 subunit 8 (mitochondrion) [Ideopsis similis]
aaeaaeaaaaeaeaeaeaaeaeaaaeeeaaeae
>gi|658608832|ref|YP_009045701.1| ATP synthase F0 subunit 6 (mitochondrion) [Ideopsis similis]
aaaaaeaeeaeaeaeaeaeaeeaeaeaeeaaeeaeeaeaeeaea
>gi|658608831|ref|YP_009045702.1| cytochrome c oxidase subunit III (mitochondrion) [Ideopsis similis]
aeeaeaeaeaeeaeaeeeaeaeeaeeeeaea
>gi|658608834|ref|YP_009045703.1| NADH dehydrogenase subunit 3 (mitochondrion) [Ideopsis similis]
eaeaeaeaeaeaeeaeeeeaeaeaaeaeeeaeaee
>gi|658608835|ref|YP_009045704.1| NADH dehydrogenase subunit 5 (mitochondrion) [Ideopsis similis]
aaeaeeaaeeaeaeaeaeaeaeeeaeaeea
>gi|658608836|ref|YP_009045705.1| NADH dehydrogenase subunit 4 (mitochondrion) [Ideopsis similis]
aeaeeaeaeaeaeaeeaaeeaeeaeaeaeeaeeaea
>gi|658608837|ref|YP_009045706.1| NADH dehydrogenase subunit 4L (mitochondrion) [Ideopsis similis]
eaeaeeaeaeeeaeeaeeaeeaeaeaeaeaeeaeeaea
>gi|658608838|ref|YP_009045707.1| NADH dehydrogenase subunit 6 (mitochondrion) [Ideopsis similis]
aeaeeaeaeeeaeaeaeaeeaeeaeeaeaeaea
>gi|658608840|ref|YP_009045708.1| cytochrome b (mitochondrion) [Ideopsis similis]
eaeaeaeeaeaeeaeeaeeaeea
>gi|658608839|ref|YP_009045709.1| NADH dehydrogenase subunit 1 (mitochondrion) [Ideopsis similis]
aeaeeaaeaeeaeeae

Voila un exemple d'un de mes fichiers, l'idéal serait qu'il ai le nom :
NADH dehydrogenase subunit 2 Ideopsis similisis
j'ai mis des "a" et "e" à la place des séquences parce que je ne pouvais pas écrire en majuscule

Lorsque je rentre cette ligne j'obtiens :

$ awk -F '|' '/^>/{gsub("[(][^)]*) |[][]|^ *", "", $5); n=$5} {print > n}' Seq1a1
awk: syntax error in regular expression [(][^)]*) |[][]|^ * at  |[][]|^ *
 source line number 1
 context is
	/^>/{gsub("[(][^)]*) |[][]|^ *", "", >>>  $5) <<< 

De plus il faut bien que je fasse ça pour n entre 1 et 13 pour avoir toutes mes séquences c'est ça ?

macOS ..aie ... . essayer avec nawk
non, awk va lire tout le fichier qui contient les 13 séquences et créer les 13 fichiers

ça ne fonctionne pas avec nawk ( -bash: nawk: command not found) ... Oui mac OS...
D'accord donc normalement je devrait pouvoir extraire toutes les séquence unique avec cette ligne de commande pour tous mes fichiers?

oui
je vais essayer avec un vieil awk compatible avec celui du Mac

essayer

awk -F '|' '/^>/{gsub("[(][^)]*[)] |[][]", "", $5); sub("^ ", "", $5); n=$5} {print > n}' Seq1a1