Format de fichier pour copie rapide

Bonjour,

Je veux récupérer des fichiers d'un ordinateur Xubuntu planté, les copier sur un disque dur externe, installer Linux Mint à la place, puis recoller les fichiers sur l'ordinateur (il n'y avait pas de participation pour /home, mais j'en ferais une ce coup-ci)

Sachant qu'en fait c'est le disque dur de mon ancien ordinateur portable (sous Windows avec C:\ et D:\ en NTFS), que j'ai externalisé dans un boîtier...

Donc deux questions :
* comment je dois formater mon disque dur externe pour que les opérations de copies soient le moins longue possible ?
* est-ce qu'il vaut mieux faire la copie depuis un live-cd du système Xubuntu actuel, ou du Linux Mint cible (ou autre ?)

Merci de votre attention (et de vos réponses)