Problème argument pour grep et boucle for

/^>[A-Z]/       {p=0 ;  n=e=$2 ; sub("[^A-Z].*$", "", n) ; sub("^[A-Z]*", "", e) ; e=e " - "}  
p++             {print e $0 >> n ; close(n) ; e="" }

$ awk -F"[>|]" -f fichier.awk co1.txt ; for f in [A-Z]*[A-Z] ; do cat Tref.fasta >> $f;done

awk -F"[>|]"       # on definit > et | comme séparateurs

/^>[A-Z]/  # on ne traite que les lignes qui commencent par >[majuscule]
{p=0               # p est un compteur qui permet de sauter la ligne contenant print 1 seule fois
n=e=$2             # n et e valent $2, donc par ex. TRIAENODEStardus, le texte entre > et |
sub("[^A-Z].*$", "", n)    # on supprime tout ce qui n'est pas majuscule jusqu'à la fin, on a le genre
sub("^[A-Z]*", "", e)      # on supprime les majuscules du début, on a l'espèce
e=">" e "\n" }             # on ajoute un séparateur à l'espèce

p++        # si p n'est pas nul, donc on ignore les lignes >XXXX, on lit toutes les autres lignes tttatcaattttttctc....
{print e $0 >> n ; close(n)        # on ajoute l'espèce, puis la ligne ($0) et on ferme le flux, qui sera re-ouvert au prochain print
e="" }             # on efface l'espèce, de sorte qu'elle ne s'affiche qu'une seule fois pour un genre

for f in [A-Z]* ; do cat tref.fasta >> $f;done     # on ajoute le fichier tref.fasta à tout les fichiers qui commencent par une majuscule.

$ grep tardus  TRIAENODES 
tardus1 - ttgatctggattactaggaacatctttaagagtaataattcgaactgaattaggttcagt 
tardus2 - aacactatattttatttttggtgcttgatctggattactaggaacatctctaagagtaat 
tardus3 - aacactatattttatttttggtgcttgatctggattactaggaacatctctaagagtaat 
tardus4 - aacactatattttatttttggtgcttgatctggattactaggaacatctttaagagtaat 
... 
$ cat f1.awk 
/^>[A-Z]/ {p=0 ;  if(n && (x[n]<2))close(n) ; n=e=$2 ; sub("[^A-Z].*$", "", n) ; sub("^[A-Z]*", "", e) ; e=e sprintf("%d", ++x[e]) " - " } 
p++  {print e $0 >> n ; close(n) ; e="" } 
$ 

$ grep tardus  TRIAENODES 
>TRIAENODEStardus|UNKNOWN_000000_CANADA:ONTARIO,WELLINGTON,ELORA,NEARncbi_JF434447|co1 
>TRIAENODEStardus|UNKNOWN_000000_USA:WASHINGTON,WHATCOMCO.,W.FERNDALE,L.ncbi_HM103311|co1 
>TRIAENODEStardus|UNKNOWN_000000_USA:MINNESOTA,OLMSTEAD,NORTHBRANCH,ROOTncbi_HM103309|co1 
>TRIAENODEStardus|UNKNOWN_000000_CANADA:ONTARIO,WELLINGTON,ELORA,NEARncbi_HM103312|co1 
.... 
$  cat f1.awk 
/^>[A-Z]/ {p=0 ; n=$2 ; sub("[^A-Z].*$", "", n) ; e=$0 "\n"} 
p++  {print e "\n" $0 >> n ; close(n) ; e="" } 
$