Nettoyer son PC pour les nuls

Bonjour, depuis quelques temps je pense à réorganiser complétement mon PC, en effet il est devenu assez bordelique, il faut dire les choses comme elles sont, je ne m'y retrouve plus et j'ai bien essayé de le réorganiser mais la présence de vieux logiciels, programmes et jeux potentiellement infectés rend la tâche assez ardue. Aussi, je comptais en fait copier quelques fichiers importants sur le DDE d'un copain et formater complétement mon disque dur, radical, et efficace.
Seulement je trouve cette idée est assez risquée, et je voulais savoir d'une part si cela pouvait générer des problèmes (clés d'activation de logiciels invalides, impossibilité de refaire des cd de restauration (d'en refaire des nouveaux), etc...) et d'autre part je me demandais quelle serait la marche à suivre, j'ai beau ne pas être un parfait ignorant en informatique c'est la première fois que j'envisage une telle opération et dans le doute...
Amis internautes je vous remercie par avance pour vos réponses. :-)