Linux mysql : MySQL server has gone away

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Par défaut MySQL server has gone away
Bonjour,
j'ai une application qui communique réguliérement avec un serveur mysql:

1- lorsque mon application se trouve sur une knoppix 3.7 avec un noyau linux 2.4, et que le serveur mysql est installe sur une knoppix 3.7 noyau 2.4; il n'y a pas de problème. (version du serveur mysql = 4.1.11)

2- lorsque mon application se trouve sur une knoppix 4.0.2 (kaella 2.1) avec noyau 2.6 et que le serveur mysql est installe sur une knoppix 4.0.2 (kaella 2.1) avec noyau 2.6; il y a un problème:
Les requêtes au serveur mysql échoue de temps en temps et je reçois les erreurs:
"Lost connection to MySQL server during query" ou "MySQL server has gone away".
(Ce comportement est le meme avec serveur mysql 4.1.11 et serveur mysql 5.0.20)

Mon objectif c'est de pouvoir faire tourner mon application et le serveur mysql sur une knoppix 4.0.2 (kaella 2.1) avec noyau 2.6 .

NB:
la variable du serveur mysql "wait_timeout" est à 28800
la variable du serveur mysql "interactive_timeout" est à 28800

Merci d'avance pour votre aide.