Très gros fichiers à manipuler

Je comprends pas tout.
Tu veux pouvoir lancer un programme installé sur Windows depuis Ubuntu ?

Quant aux fichiers de 12 Go, il n'y a pas a priori de limitation si tu utilises le NTFS autre que celles liées aux perfs de la machine. 12Go, c'est assez conséquent !

Alors il faut savoir que les programmes windowsien ne fonctionnent pas sous Linux..
Par exemple, Internet Explorer , ou les jeux vidéos ne fonctionneront pas sous Linux.
L'inverse est également vraie : un programme linuxien ne fonctionnera pas sous Windows.

Mais, certains éditeurs proposent une version de leur programme pour chacun. Par exemple, Firefox présente une version pour Windows et une version pour Linux.

Une solution, il existe Wine un programme qui permet de lancer les programmes windowsiens. Mais cela reste très bancale : certains programmes se lancent sans soucis d'autre boguent complètement. Et il n'est pas rare de devoir se plonger dans le configuration de Wine pour réussir à lancer un programme windowsien, sans que cela soit concluant.

Une autre solution est de passer par virtualbox qui est un programme qui simule un ordinateur.
Ainsi, on crée un "ordinateur" virtuel sur lequel on installe Windows. Ainsi, on dispose d'une fenêtre qui contient un Windows. On peut alors installer sur ce Windows virtuel n'importe quel programme.
Le souci est que cela consomme énromément de ressources puisqu'au final, c'est comme si on avait deux ordinateurs et donc c'est comme si on divisait par deux les perfs de son ordinateur.
Vu que tu as Windows déjà installé et si tu veux éviter d'éventuelles galères, utilise sur ton Windows installé.

Par contre, s'il s'agit de manipuler des fichiers édités sous Windows avec un programme linuxien alors c'est tout à fait possible dans la mesure ou le format du fichier est compatible.
Par exemple, tu peux visionner un DVD sous Windows en utilisant VLC ou Windows Media Player mais également sous Linux en utilisant Kaffeine ou MPlayer.

Bref, cela dépend de sa situation.