Comment réinstaller Windows ?

Bonjour, je viens de réinstaller windows à partir du CD fourni avec l'ordi. Je crois qu'il s'agit d'un mode usine, corrigez moi si je me trompe. Mais un ami m'a demandé si le disque dur avait été formaté. Je sais pas quoi répondre, quand j'ai mis le CD et fait F12 le message m'a dit "votre disque dur va être effacé" ; cela signifie-t-il qu'il a été formaté ? J'ai peur d'avoir gardé des traces de malwares ou autres, je l'ai réinstallé à cause d'un trojan. Pouvez vous me dire si oui ou non la réinstallation de windows (l'état est le même que le tout premier jour) à partir du CD est suffisant ou bien si j'ai encore des saletés qui sont restées ? Merci.