Disque dur externe lent à l'ouverture

A voir sur le lien ci-dessous :

http://docs.google.com/Doc?docid=0AZmNO-_dxZyIZGZwNmg4Zm1fNDNkeHNxcmdkNw&hl=fr

Suite à un important problème de virus. J'ai du formater mon disque dur interne. Avant ce formatage tout allait très bien avec mon disque dur externe. Depuis le formatage je ne peux plus démarrer windows si mon disque dur externe est allumé. Et lorsque je l'allume après l'ouverture de windows, il est très lent à l'ouverture. De plus apparait un message qui n'apparaissait pas avant à l'ouverture du disque dur externe, un message sur le logo de l'entrée USB correspondante : "votre matériel pourrait être plus rapide si vous aviez une entrée USB haute vitesse "enfin le message dit à peu près ça". Evidemment je n'ai pas ce type d'entrée mais cela ne l'empêchait pas de fonctionner parfaitement bien avant.

Il faut dire que pour faire démarrer mon ordi après le grave incident j'ai du manipuler le BIOS pour que mon ordi démarre directement du CD. Sans cela je n'aurais même pas pu réinstaller windows. Est ce que ce problème viendrait de cette manip qui a changé la configuration de démarrage ?

Merci de vos réponses.