Passer de fat32 en NTFS avec disque partagé

Bonjour,
Voici mon problème : j'aimerai passer le format de mon PC portable de FAT32 à NTFS (nottament pour pouvoir faire des "copier-coller" de fichier .iso > à 4Go, ce qui est impossible en FAT32)
Je me suis donc renseigné à droite à gauche sur les forum, et en gros j'ai compris que ce changement de format (de FAT32 à NTFS n'engendre aucune perte de data, ni désagrément : PC qui plante, qui rame,etc...)
La commande que j'ai trouvé c'est :
CONVERT C: \FS:NTFS

Tout d'abord, cette ligne de commande est elle ok, pour faire ma conversion ?
Ensuite sur mon PC, j'ai 2 partitions de mon disque dur : un C: de 68Go (sur laquelle j'ai windows XP SP2) et une partition D: de 40Go (qui n'est pas un recovery mais juste une partition de stockage data, c'est là où je met mes films, mes mp3, etc...)
J'ai cru comprendre qu'il était mieux de mettre le même format (NTFS par exemple) sur le même disque PHYSIQUE (c'est à dire à la fois sur la partition C: et sur D:)
J'aimerai donc savoir la meilleure façon de faire pour passer mes 2 partitions (C: et D:) en NTFS sans perte de data, et sans soucis ??
Par exemple, j'ai peur qu'en commençant à passer mon C: en NTFS, lors du démarrage suivant, que mon PC "ne reconnaisse plus" mon D: (qui lui sera rester en FAT32 pour l'instant...)
Vaut il mieu que je convertisse d'abord mon D: puis mon C: ??? (puisque que c'est C: qui contient windows)
Est ce que l'inverse est mieux ??? (C: puis D:)

Si quelqu'un pourrait m'éclairer à ce sujet ???
Merci d'avance de vos réponses
Bye