Vérification des fichiers après windows updat

Bonjour,

Hier, windows update s'est lancé et m'a, à la fin, demandé de redémarrer l'ordinateur, ce que j'ai laissé en suspens vu que j'étais en train de regarder un film. Suite à un problème graphique (écran noir, mais ordinateur fonctionnant), j'ai du redémarre mon ordinateur à l'arrache, sans cliquer sur le "redémarrer maintenant" de Windows Update.

Et, ce matin, en rallumant, l'ordinateur bloquait, le disque faisait un bruit bizarre, et mettait très longtemps à essayer de redémarrer. Enfin, après un moment, une vérification des fichiers et dossiers s'est lancé, très longue. Ensuite, il vérifie l'espace libre sur le disque, c'est toujours en cours et c'est très très long.
Pendant la vérification, il a vérifier des clusters endommagés et m'a dit que le fichier windows/system/ était complétement illisible.

Tout ça à cause d'une mise à jour sûrement mal installée ? Dois-je attendre la toute fin de la vérification de l'espace libre ? Que devrais-je faire d'autre ?

Merci d'avance.