Problème de transcodage, mkv et sous-titres

Bonjour,
je suis possesseur d'un nas synology DS 216 play et je m'en sers pour stocker mes films et mes séries. J'ai remarqué que le visionnage vidéo marchait le mieux quand mes fichiers vidéo sont en mkv, quand le codec vidéo est h.264 et le codecs audio ac3.
Certaines de mes vidéos n'étaient pas dans ce format (elles étaient en mkvmais les codecs n'étaient pas les bons) j'ai donc décidé de les transcoder grâce au programme Movavi convertisseur 17 (la version payante). Je peux maintenant visionner ces vidéos sur mon nas mais j'ai un autre souci
les fichiers originaux qui étaient mkv avec chacun 2 pistes audio (français et anglais) et 2 pistes de sous-titres (français et anglais) se retrouvent après la conversion avec aucune piste de sous-titres.
Est-ce que cela est dû au type de codecs ? Ou est-ce que cela est dû à mon programme ? Est-ce que des utilisateurs de Movavi savent s'il y a une option à cocher pour régler ce problème (même si regardé et qu'il n'y a rien) Movavi me propose bien de lier une piste de sous-titres à la vidéo mais ce n'est pas ce que je souhaite