Pb PHP avec prototype

Bonjour,
J'ai un programme PHP qui génère une page Html contenant entre autre prototype et un script ajax.
Les appels au serveur s'effectuent avec ajax, mon pgm PHP génère du code HTML et des fonctions JAVASCRIPT et c'est là que le problème arrive :
1) les fonctions sont donc envoyées en Ajax mais lorsque l'appel est fait dans prototype, la fonction n'est pas trouvée (par contre lorsque la pages est envoyée sans être passée par Ajax tout fonctionne correctement, c'est comme si l'interpréteur Ajax ignorait les fonction qui lui sont transmises).

Quelqu'un connait-il ce PB.
Merci par avance.